科学、合理的施肥方法也是有机蔬菜种植技术执行的判断之一，应注意一下三点要求：①基肥：基肥主要包括家畜粪、家禽粪、绿肥、豆饼及工厂未经污染的有机废弃物。在蔬菜种植前施用，此时粗有机肥、细有机肥、土壤改良剂及有益微生物都应使用。粗有机肥主要是由稻壳、稻草、花生亮、蔗渣、锯木屑、野草、树叶等纤维质含量较多的资材，混合少量禽畜粪、饼粕类或动物性废弃物并灌施一些有益微生物等制作，混合材料的多寡常有很大差异。土壤改良剂有白云石粉、石灰石粉、消石灰、蛹壳粉、蛹壳灰等含钙镁资材；稻壳炭、木炭、活性炭、泥炭、腐植酸等含炭及腐植酸资材；海草精、鱼精、氨基酸、磷矿粉、海鸟磷肥、虾蟹壳粉等可提供特殊养分的资材。一般结合整地每亩施腐熟的厩肥或生物堆肥~↓千克，有条件的可使用有机复合肥作种肥。方法是在移栽或播种前，开沟条施或穴施在种子或幼苗下面，施肥深度以5~10厘米较好，注意中间隔土。
空中田园有机蔬菜种植肥料施用图②追肥：一般短期性蔬菜如小白菜、苋菜、菠菜等多数使用基肥即满足其全生长期的需要，不必要使用追肥，但使用基肥时必须注意依照蔬菜种类的不同，次施用足量的有机肥有些长期性蔬菜特别是全期都需肥的有机蔬菜如瓜类、西瓜、萝卜、牛蒡等应时常使用追肥。追肥分土壤施肥和叶面施肥。追肥使用量必须视蔬菜种类和生长期的不同酌量调整，通常是将约为基肥使用量1/5的有机肥，条施在地面距离蔬菜作物约10厘米处，或撒施在一些较为长期性的果菜类根部，距离至少约10厘米。土壤追肥主要是在蔬菜旺盛生长期结合浇水、培土等进行追施，主要使用人粪尿及生物肥等。叶面施肥可在苗期、生长期选取生物有机叶面肥。固态追肥最好选择雨后土壤潮湿时使用或于使用后酌量灌水，效果较快。
空中田园有机蔬菜种植肥料施用图③翻压绿肥：一般在花期翻压，翻压深度10~20厘米，每亩翻压~千克，可根据绿肥的分解速度，确定翻压时间。